Une ténébreuse affaire est un roman policier avant l'heure, doublé d'une réflexion sur l'arbitraire du pouvoir et la raison d'État. L'action se déroule sous le Consulat et l'Empire, dans un climat de complots royalistes et de surveillance policière. Une famille de la noblesse, les Simeuse et leurs cousins d'Hauteserre, anciens émigrés rentrés en France, vivent sous la menace de la police impériale, qui les soupçonne de conspirer contre Bonaparte. Leur dévouée cousine, Laurence de Cinq-Cygne, jeune fille d'une énergie farouche, les protège. Le redoutable agent Corentin et le policier Peyrade, instruments de Fouché, tissent autour d'eux une machination ténébreuse. Lorsque survient l'enlèvement mystérieux d'un haut personnage, le sénateur Malin de Gondreville, les jeunes nobles, innocents, sont accusés du crime et arrêtés sur la foi d'indices fabriqués ou trompeurs. Un procès inique les condamne, malgré les efforts désespérés de Laurence et de fidèles serviteurs pour les sauver. La vérité — l'existence d'une intrigue policière complexe destinée à les perdre — n'éclate que bien plus tard, trop tard pour réparer entièrement l'injustice. Balzac y dénonce l'opacité et la cruauté de la haute police sous l'Empire, capable de broyer des innocents au nom des intérêts de l'État, et il peint avec maîtrise une intrigue de mystère et de fausses pistes. Le roman, qui fait de l'enquête et de la manipulation policière son ressort, montre comment l'histoire officielle dissimule des manœuvres souterraines et des sacrifices d'individus. À travers le personnage de Corentin, agent génial et glacé, l'auteur incarne le pouvoir occulte de la police politique. Une ténébreuse affaire allie l'analyse politique au suspense, et illustre la fragilité de la justice face à la raison d'État et aux intrigues secrètes du pouvoir.